羽田空港の滑走路に突如として謎の1辺が2kmを超す超巨大な正立方体が出現し、出現場所に居合わせた旅客機256便（ボーイング777型）が、乗員乗客もろとも立方体に飲み込まれた。政府が関係各省と連携を取り合いこの立方体の調査と飲み込まれた乗員乗客の救命に奔走する中、立方体上部にヤハクィザシュニナと名乗る人物と256便に乗り合わせていた交渉官・真道幸路朗が現れる。