西暦2×××年、地球の人間たちは体を機械化させ、寿命を数百年に延ばしていた。だが、母と二人暮らしの星野鉄郎は、貧しさのため、未だ生身の体のままだった。鉄郎はひとつの話を信じていた。誰もが機械の体をもらえる星があり、銀河超特急９９９号に乗ればそこに行けるというのだ。母と二人でメガロポリスステーションを目指す鉄郎。その途中、鉄郎の母は、生身の人間を狩るのを趣味とする機械伯爵に撃たれてしまう。たった一人雪原に倒れていた鉄郎は、謎の美女メーテルに助けられる。彼女は鉄郎に、銀河鉄道の無期限定期を与え、一緒に旅をすることを約束させるのだった。無限の宇宙の彼方にある夢と希望の星を目指して、鉄郎の果てしない旅がはじまる。(C)松本零士・東映アニメーション