天才的な頭脳と想像力の持ち主フィニアスとファーブは、ジェットコースターにタイムマシンと様々なものを作って楽しく夏休みを過ごしている。一方、悪の陰謀を阻止し世界を救うのは二人のペットのカモノハシ、ペリー。本当はエージェントPと呼ばれる優秀なスパイなのだ。彼の活躍により平和を保たれた世界でフィニアスとファーブは今日も最高の一日を満喫する。