夜の墓場で「小山田まん太」が出会った少年、「麻倉葉」。森羅学園に転校生としてやって来た彼は「あの世とこの世を結ぶ者」すなわち「シャーマン」だった。600年前のサムライの霊「阿弥陀丸」と運命的な出会いを通して「麻倉葉」は「シャーマンの王:シャーマンキング」になるための資質を開花させていく。そして宿命のライバル「道蓮」をはじめ、「世を浄化するシャーマンの王」を目指す様々なライバルたちの登場。巨大な2つの彗星が夜空を駆け、世界中のシャーマン達にシャーマンキングの座を巡る闘いの始まりを告げる。そして今、運命の歯車が回りはじめる。