地球連邦軍とジオン公国軍による戦いが熾烈を極める宇宙世紀0079年末期。連邦軍の開発したニュータイプ専用モビルスーツ・ガンダムNT-1 アレックスを巡る戦いが、宇宙に浮かぶコロニー・サイド6で展開する。惹かれあいながらも、お互いの素性を知らぬまま戦うアレックスの女性テストパイロット・クリス、アレックスを狙うジオン軍の青年パイロット・バーニィ……。少年アルは彼らの戦いの目撃者となる。