戦国時代に猿飛佐助ら5人の忍者は厳しい戦いの末妖怪達を封印した。しかし、その封印が解かれたことにより現代の日本に妖怪たちが再び現れようとしていた。これに立ち向かえるのは、400年前に妖怪軍団を封印した「忍者戦隊カクレンジャー」しかいない。隠(かくれ)流鶴姫家24代目の鶴姫は、猿飛佐助の子孫・サスケ、三好晴海入道の子孫・セイカイ、霧隠才蔵の子孫・サイゾウ、児雷也の子孫・ジライヤの4人を招集し、忍者戦隊を結成する。5人は日本全国に現れる妖怪たちを倒し、平和を取り戻すため、妖怪退治の旅を開始するのだった。若者たちの行く手に待ち受けるのは勝利か、それとも…?