科学者養成学校「科学アカデミア」が開発した宇宙船の進宙式の日に、突如謎の組織がアカデミアを襲撃した。その名は「武装頭脳軍ボルト」。一握りの天才以外の人間は全て滅ぼそうと企む、大教授ビアス率いる悪魔の天才集団だ。しかしそこへ「ライブマン」と名乗る戦士が立ちはだかった。彼らはいつかやってくるであろうボルトの襲撃に備えて訓練を続けた天宮勇介、大原丈、岬めぐみの３人だ。昔の仲間と戦うことに苦悩しながらも、科学アカデミアの技術を駆使して正義のためにライブマンは激闘を続ける！