時は近未来。都市生活は巨大なエネルギー「エネトロン」によって支えられていた。しかし、謎の存在「ヴァグラス」が「エネトロン」を狙って動き出す。人類を「ヴァグラス」の脅威から守るため結成されたのが、特命戦隊ゴーバスターズだ。特殊な訓練を受けて戦士となった彼らは、意思を持ったメカ生命体・バディロイドと力を合わせて、恐るべき敵に立ち向かう！