「地上を≪魔甲蟲≫と呼ばれる魔物に支配され、天空の浮遊都市へ追いやられた人類は、≪魔甲蟲≫に対抗しうる存在――空戦魔導士を生み出した。空戦魔導士の育成機関である学園浮遊都市≪ミストガン≫の生徒、カナタ・エイジは≪黒の剣聖(クロノス)≫の称号を持つエリートエース。しかし、今では“とある事件”から「裏切り者」の烙印を押され、前線を退いていた。そんなカナタが、“おちこぼれ”と揶揄されるE601小隊の教官に任命される。この小隊に所属するのは、一癖も二癖もある3人の少女。彼女たちに叩き込むカナタの指導法は、荒唐無稽な常識外のものばかりで…「俺がお前たちを最強の空戦魔導士にしてやるよ」“裏切り者”教官の型破りな指導で「最強の空戦魔導士」を目指す！“落ちこぼれ”少女たちの成長の物語が今、始まる。