海を蹂躙する脅威、「深海棲艦」。その脅威に対抗できるのは「艦娘」と呼ばれる在りし日の艦艇の魂を持つ娘たちだけだった。艦娘たちが集い、日々の演習などで切磋琢磨しながら、共同生活をする場所「鎮守府」にある日、特型駆逐艦「吹雪」が着任することから物語は始まる。