「アズールレーン」の少女たちは、世界の外より訪れた謎の敵「セイレーン」の大攻勢を退けた。しかし、戦いはいつの世も変わることはない。かつて人類が海の覇権を争ったのと同じように、理念の違いから「アズールレーン」と「レッドアクシズ」は対立。そして時は流れ――