日本の地方都市・冬木市では、七組の魔術師（マスター）と使い魔（サーヴァント）による「聖杯戦争」が繰り返されている。1990年代の初秋、四度目の聖杯戦争が始まる。主人公・衛宮切嗣は、名家アインツベルンの委嘱を受け、セイバーのサーヴァントを召喚し聖杯戦争に身を投じる。彼の目的は聖杯による世界平和の実現であった。 英国からは二人の魔術師ケイネス・アーチボルトとウェイバー・ベルベットがランサーとライダーを、冬木からは遠坂時臣とその弟子・言峰綺礼がアーチャーとアサシンを、間桐雁夜がバーサーカーを、それぞれ召喚して参戦する。最後のサーヴァントであるキャスターは一般人・雨生龍之介によって召喚される。