近未来の地球――人類は「ヒュージ」と呼ばれる謎の生命体の出現で破滅の危機に瀕していた。全世界が対ヒュージという一事に団結し、科学と魔法の力を結集した決戦兵器「CHARM（チャーム）」の開発に成功、その使用者となる少女たち「リリィ」を養成する機関「ガーデン」を各地に設立した。ガーデンの中でも名門と名高い百合ヶ丘女学院に補欠ながらも合格を果たした一柳梨璃は、人類存続のために戦うリリィとしての一歩を踏み出す。かつて、自身の窮地を救ってくれた白井夢結を追ってこの学園を受験した梨璃は登校初日に邂逅を果たすも、以前の夢結とはどこか違っていて……儚くも美しく戦う、少女たちの物語が花開く――。