時空を超えてアベンジャーズから逃げ出したロキは、歴史を改変した罪により、”正しい時間軸”を監視する謎の組織TVAに拘束される。自由の身となるため、様々な時代で世界を混乱に陥れる、ある危険な“時間犯罪者”を捕らえるミッションに協力することに。しかし、その過程で、人類の歴史に隠された重大な“謎”が明かされる…。