その日、俺の人生を狂わせた戦争は終結した。 しかし、それは新たな戦いの始まりにすぎなかった…。 アストラギウス銀河の2大勢力、ギルガメスとバララントによる百年戦争の過程で開発されたAT（装甲騎兵）は、消耗激しい最前線に投入される大量生産兵器に過ぎず、ATに乗る兵士たちは最下層の存在であるとの皮肉が、ボトムズという俗称には込められている。主人公のキリコも、そんなボトムズ乗りのひとり。百年戦争の末期、キリコは目的も定かではないある作戦に参加させられるが、そこはなんと味方のアステロイド基地。キリコは作戦中、青い燭光に包まれたカプセルのなかに全裸の女性が収容されているのを発見する。それが「素体（パーフェクト・ソルジャー）」と呼ばれる軍事機密だったことから、キリコは軍やかつての上官から追われる身となり、地獄のような逃走と放浪の日々が始まるのだった！