6歳のグレッグとコナー、アマヤは、昼間はどこにでもいる普通の小学生。だが日が沈み夜になると、恐るべき悪の手から町を守るため立ち上がる勇敢なヒーロー、パジャマスクに！グレッグはヤモリのゲッコーに変身。コナーは猫のキャットボーイに変身し、キャット・カーを乗りこなす。アマヤが変身するのはフクロウのアウレット。3人は事件の夜に出動し、ロミオやルナ・ガールの悪巧みを止めるべく、力を合わせて立ち向かっていく。