如月ハニーは自由奔放な女子高生で元気に楽しく学生生活を送っていた。ある日、彼女のもとに父からの知らせが届き、途中で出逢った記者・早見青児と共に自宅に戻ると覆面の男たちに殺害された父を発見する。世界中で暗躍する国際犯罪結社パンサークローが博士が開発した空中元素固定装置を奪おうとしていたのだ。父の残したメッセージで自分がサイボーグであると知ったハニーは、自らの肉体に埋め込まれた空中元素固定装置を守るため、キューティーハニーとして戦う事を決意する。