真実はそこにある。説明がつかないと思われる事象を解明しようと挑み続けるFBI捜査官スカリーとモルダーの活躍を描くサイエンス・フィクション。2人は、UFOの目撃や異星人との遭遇、異星人による誘拐の他、あらゆる怪現象に立ち向かっていく。