街を焼き尽くす大災害で孤児となった士郎は、魔術師・衛宮切嗣に助けられ養子となる。そして十年後、平穏に暮らす士郎はふとしたきっかけから、あらゆる願いを叶えると言われる聖杯を巡る戦い｢聖杯戦争｣に巻き込まれ、魔術師として最強の使い魔(サーヴァント)セイバーと共に戦いに身を投じることとなった。