宇宙世紀0079年、地球から最も遠くに位置するサイド3は「ジオン公国」を名乗り、地球連邦に宣戦を布告した。ジオン独立戦争――後に一年戦争と呼ばれる戦乱の幕開けであった。その戦禍は史上類を見ないほどであり、戦争が始まってからわずか一ヶ月で全人口の約半数が失われた。しかし、戦線は膠着状態と なったまま、約8ヶ月が経過した。 　その間、地球連邦軍は戦局を打開するために、サイド7においてモビルスーツの開発を進めていた。しかし、それがジオン公国軍のシャア・アズナブルに察知され、彼が偵察に派遣したザクによって、サイド7は戦場と化してしまう。そうした中、民間人の少年アムロ・レイは避難途中に地球連邦軍のモビルスーツ――ガンダムに搭乗し、ジオン公国軍のザクを撃破する。その後、コロニーからの脱出を余儀なくされたアムロと他の民間人は地球連邦軍の新造艦ホワイトベースに乗り込み、連邦軍本部ジャブローを目指し、長い旅路に着くこととなった。