錬金術の法則を無視した結果、エドワード・エリックの半分の四肢が失われ、兄弟アルフォンスの魂が鎧に縛られた。失ったものを取り戻すため、兄弟は哲学の石を探す。敵と味方―腐敗した軍隊、ホムンクルス、外国の錬金術師―がエリック兄弟の道を変えるが、彼らの目的は変わらず、絆は揺るがない。