新潟県長岡市に暮らす、ごく普通の女子高生、三栖立つばさ。ある日、のどかな田園風景広がる彼女の自宅の近くに、正体不明の宇宙船が墜落。調査のため、一ノ瀬はじめたち『立川CAGE』のGメンバーがやって来る。近隣住民が見守る中、宇宙船から現れたのは、数々の星を平和に導いてきたとされる異星人ゲルサドラ。つばさとはじめたちガッチャマン、そして平和の使者ゲルサドラ。この出会いは世界に何をもたらすのか。
突然ガッチャマンとなってしまったつばさであったが、持ち前の前向きさから、皆のためにヒーローとして活動していくことを決意。今や地元の有名人となったつばさの新たな門出を祝うため、ショッピングセンターで壮行会イベントが開かれることとなった。教育係に任命されたはじめと共に、会場のステージに上がるつばさであったが……。一方、謎の集団『VAPE』の正体を探っていた累の前に、突如赤いCROWDSが現れる。
上京したつばさとゲルサドラを待っていたのは、人気情報番組『ミリオネ屋』へのゲスト出演であった。二人は息の合った掛け合いで仲の良さを見せ、その場を包んだ和やかな雰囲気にゲルサドラも笑みを浮かべる。立川CAGEで残りのGメンバーへの挨拶も終え、いよいよガッチャマンとしての活動を開始することとなったつばさ。しかしその頃、渋谷駅前では『VAPE』を率いる男、鈴木理詰夢が不穏な動きを見せていた。
自分の信じる正義を貫き、消えかける命を救うべく、心のままに駆け出したつばさ。力強い風に背中を押されて戦いの場へと降り立ち、想いを重ねたゲルサドラと並んで群がる敵を蹴散らしながら、崩れ落ちた仲間の元へと急ぐ。その様子はテレビ中継によって全国へと届けられ、多くの人々がその雄姿を見守り応援し、新たなヒーローの出現に沸き立つ。そして争いを終わらせるため、つばさは力を込めた一撃を振り上げた。
いよいよGALAXを使用した首相公選スマホ選挙が始まった。現職の菅山圧倒的有利の予想の中、ゲルサドラは史上初の異星人首相候補として注目されながらも、その支持率は下位に留まっていた。しかし、ふきだしさまの力によって、多くの人々が抱いているある強い想いを知ったゲルサドラは、全国民に向かって一つの公約を掲げる。それは立川CAGEのガッチャマンたちの間でも、意見を分かつようなマニフェストであった。
スマホ投票による多くの国民の支持を得て、ついに誕生したゲルサドラ首相。彼は急速に知識を吸収し、この国の現在の政治の在り方を理解していく。そうして史上初の、異星人首相による政権が動き出した。自分たちが行ってきたルールが通用せず、調子を崩され困惑する政治家たち。更にゲルサドラは異星人としての特異性を遺憾無く発揮し、これまでにはありえなかった常識はずれの政権運営を推し進め始める。
『心をひとつに、みんなで創る、みんなの世界』。掲げられたスローガンの元に行われるゲルサドラの改革によって、急速に変化していく日本。その支持率もまさにうなぎのぼりで、人々の間には明るい笑顔が溢れる。ゲルサドラと自分が夢見た、みんなの心が一つになった、争いのない平和な世の中が訪れつつあるのを確信するつばさ。しかし、そのあまりにも急ぎ過ぎる変革に、少なからぬ不安を覚える者たちもまた存在していた。
ゲルサドラの異変によって現れた赤いふきだしさまから、突如生まれた謎の生物。その出現は吹き荒れる強風に乗って日本全国へと拡散。あっという間にあらゆる街の、あらゆる人々の間に溢れ返った。この予想だにしなかった事態に、直ちに出動し全国各地へと散らばるGメンバー。混乱を収めるために謎の生物たちを排除しようとするのだが、それらは更にガッチャマンたちの予想を超えた行動を取り始めるのだった。
民衆に受け入れられ、その生活に浸透したくうさまの存在は、ゲルサドラが目指す皆の心が一つとなった世界を作り上げて行くかに見えた。しかし、全ての意思の統一を目指し、くうさまは更に次の段階へと進み始める。その驚愕の行動にガッチャマンたちは市民に向けて警告を発するが、一度一つの方向へと進み始めた流れは簡単には覆らない。むしろくうさまとゲルサドラを危険視するガッチャマンに対し、人々は非難の目を向け始める。民衆に受け入れられ、その生活に浸透したくうさまの存在は、ゲルサドラが目指す皆の心が一つとなった世界を作り上げて行くかに見えた。しかし、全ての意思の統一を目指し、くうさまは更に次の段階へと進み始める。その驚愕の行動にガッチャマンたちは市民に向けて警告を発するが、一度一つの方向へと進み始めた流れは簡単には覆らない。むしろくうさまとゲルサドラを危険視するガッチャマンに対し、人々は非難の目を向け始める。
ついに暗雲が立ち込め始めた理想の世界。ほんの小さなきっかけは先導者の介入によって増幅され、次々と湧き出す波紋は次第に大きく、加速度的に広がっていく。しかし、その中心にいるゲルサドラ自身は、いまだ自分が全ての人々の望みを叶えているのだと信じ、屈託のない微笑みを浮かべていた。その頃、ゲルサドラとガッチャマンの元を離れ長岡へと戻ったつばさは、出迎えたゆるじいと、そして自分自身と向き合っていた。
全国各地から続々と集結し、街中に溢れ返る無数のくうさまの群れ。総力を挙げてそれを駆逐していくガッチャマンたちであったが、その数は一向に減る気配を見せない。倒されては復活を繰り返すくうさまに対してはどんな攻撃も意味はなく、手詰まりの状況に流石に疲弊し、焦りを隠せないGメンバー。成す術もないこの絶望的な事態を打開するために、ガッチャマンはある大きな決断を迫られる。
皆の願いを受け、その望みを叶えるために、固い決意と共に己の持てる力の全てを掛けて戦いに挑んだガッチャマンたち。熾烈を極めた攻防とその壮絶なる決着は、それを見守った多くの者たちの心に深く刻み込まれた。辛く苦しい戦いの果てに、ガッチャマンが、そしてこの国の人々が辿り着いた真実とは……。今、全ての人々に向けて放たれた問い掛けに、一つの答えが導き出されようとしていた。
