ソ連崩壊前、ソ連の化学兵器工場に006ことアレックと共に侵入したボンドだったが、責任者のウルモフ大佐によりアレックが拘束されてしまう。ボンドはやむなく彼を見捨て秘密工場を爆破し、任務を達成した。 それから9年後。20世紀も終わりに近く、ソ連は既に崩壊していた。ボンドはモナコでロシアの犯罪組織「ヤヌス」のメンバーであるゼニアをマークしていたが、彼女と将軍になっていたウルモフは、対電磁波装甲を施したNATOの最新鋭戦闘ヘリコプター・タイガーを、デモンストレーションを行っていたフリゲート艦上から奪取・逃走する。 その後ゼニアとウルモフは、ロシアの秘密宇宙基地に現れ、ソ連時代の秘密兵器「ゴールデンアイ」を起動させ、兵士と職員を皆殺しにする。女性コンピューター技術士のナターリアは、奇跡的に生き残り脱出した。 ボンドは「ゴールデンアイ」とヤヌスの関係の手掛かりを求めてサンクトペテルブルクへ行き、そこで9年前殺されたはずのアレックと再会して、意外な真実を知る。