時は南北戦争のさなか、気球にのって戦場から脱出した囚人たちは風に流され見知らぬ島にたどり着く。だがそこは通常の何十倍もある大きさの生物が跋扈していた。後から漂着した母娘を加えてサバイバル生活が始まるが、島にはもう一人奇妙な人物が住んでいることが判明する。それはあの伝説のネモ船長だった……。