密輸品取引現場に踏み込んだFBIにより、裏社会の大物セイントの息子ボビーが射殺される。憤怒したセイントは裏切り者を捜さんと、潜入捜査をしていたFBIのフランクを見つけ出す。家族を守るために転任を決意し、束の間の休暇を楽しんでいたフランクだが、そこへセイントの追っ手が現われ、妻子を殺されてしまう。ただひとり生き残ったフランクだが絶望の中から立ち上がり、闇の私刑執行人“パニッシャー”へと生まれ変わる。