魔女との戦いで傷ついていく仲間たちの姿に心を痛めるまどか。キュゥべえは、途方もないポテンシャルを秘めたまどかなら並外れた魔法少女になれると契約をうながすが、まどかはまだ心を決められずにいた。一方、同じ魔法少女ながら、ある理由でキュゥべえを敵視し、まどかの契約を妨げるほむらは、自身が契約とひきかえに望んだ心からの願いに想いをはせる。そんな中、最強の魔女《ワルプルギスの夜》が姿を現わそうとしていた。