南極。皇帝ペンギンのマンブルは《ハッピーフィート》の異名を取るタップダンスの達人として知られていたが、彼の幼い息子エリックはダンスが大の苦手。あるとき、とうとう家出したエリックは、アデリーペンギンの集落で空を飛べる不思議なペンギン、スヴェンと出会う。不可能を可能にしたスヴェンに魅了されるエリック。そんな矢先、氷山の衝突によって皇帝ペンギンの国が陥没し、仲間たちが閉じ込められる大事件が発生する。