ボウサーの前回のピーチ姫との結婚計画を阻止した後、マリオとルイージは、父親を囚われの身から解放し、家族の遺産を回復しようとするボウサー・ジュニアという新たな脅威に直面しています。新旧の仲間とともに、兄弟は星々を旅し、若い後継者のクルーゼードを止めます。