太平洋の小さな町。少年ジェシーは母に捨てられた孤児で、施設を度々抜け出していた。しかし、子供のできない夫婦に引き取られた彼は、その町の水族館で、母から引き離され狭い水槽にいるシャチ＝ウィリーに会い、飼育と訓練を習い、母と再会の他にも生活の意義を見出していく。躾けられたウィリーは水族館の新たな看板となるはずが、大勢の観客に戸惑い芸のできぬまま失敗。経営者は保険金目当てにウィリーを殺すことを企む……。海洋ファンタジー。