アメリカ合衆国中西部に位置するラクーンシティ。自然豊かなこの街の郊外に以前は製薬会社アンブレラ社の工場が存在したが、今はその殆どの施設は移転してしまっている。 このアンブレラ社が秘密裏に研究開発を進めていた“何か”が街の住民達に大きな健康被害を与えているとのメッセージを受け取ったクレア。 ラクーンシティの施設で育ったクレアは、その真実を突き止めるべく、R.P.D．(ラクーン市警)で特殊部隊＝S.T.A.R.S.の隊員である兄・クリスのもとを訪ねる。クレアはクリスにこの事実を訴えるも「お前は昔から陰謀論を持ち出すが、デタラメだ」と取り合ってくれない。 しかしその時、街中に大音量のサイレンが鳴り響く。 アンブレラ社から住民に自宅で待機するよう警報が発せられたのだ。 クリスは急ぎ署に出向き、S.T.A.R.S.の隊員である、ジル、ウェスカーと共に、郊外にあるスペンサー邸で消息を絶った同僚を捜索する為、ヘリコプターで出動する－。 一方、クレアはクリスを追いかけR.P.D．に－。 しかし、既に住民達の身体には変化が起き始めていた。 その皮膚は腐乱し、口や目から血液が流れ落ち、死体の様な状態にも関わらず、人肉を欲し彷徨うゾンビと化したのだ。 スペンサー邸ではクリス達の壮絶なサバイバルが繰り広げられ、R.P.D．内でも、クレアそして新人警官のレオンに、ゾンビ達が襲い掛かる。