アイアンマンを性能的にはるかに凌ぐ新型有機テクノロジーアーマーを開発した、若くも歪んだ天才技術者エゼキエル・ステイン。彼は、トニー・スタークが打ち上げようとしている人工衛星の発射場にテロ攻撃を仕掛け、巧みにアイアンマンを事件の首謀者に仕立て上げる。アイアンマンは自らの疑惑を果たすべく、自分を逮捕しようとする国家組織Ｓ．Ｈ．Ｉ．Ｅ．Ｌ．Ｄ．の追撃をかわしつつ、エゼキエルとの決戦に挑む。