自分に能力があることを知った11歳のジョナサン・ケントと、暗殺者からボーイ・ワンダーに転身したダミアン・ウェインは、父親たち(スーパーマンとバットマン)を救い、スターロと呼ばれる邪悪な異星勢力から地球を救うために力を合わせなければなりません。