La trama è incentrata su un ragazzo,Tohno Shiki che dopo un incidente da bambino si ritrovò a possedere strani poteri, infatti questo potere gli consente di vedere dei fili che sono presenti su ogni essere vivente e su ogni oggetto inanimato, e se questi fili vengono tagliati portano alla fine di quest'ultimo . Ma per riuscire a coinvivere con tale potere una strega gli dona degli strani occhiali che contenessero l'enorme potero in modo da rendergli più gestibile questa sua capacità . Apparentemente il ragazzo cresce in piena normalità la sua adolescenza ma ben presto una volta morto il padre egli sarà chiamato come unico erede alla residenza familiare dove vive anche sua sorella, ma ben presto la sua vita sarà stravolta da strani flashback e l'inquietante incontro di una ragazza che gli dirà di prendersi le responsabilità per averla uccisa.