Il trentaduenne Kafka Hibino fa parte di una squadra speciale addetta allo smantellamento dei resti dei Kaiju, che vengono uccisi dalle forze di difesa. Kafka è amico d'infanzia di Mina Ashiro. I due, tempo addietro, si promisero di entrare nel corpo delle forze di difesa e proteggere il Giappone dai Kaiju. Hibino non riuscì a superare l'esame di ammissione, abbandonando i suoi sogni. Mina, mantenendo la promessa, divenne invece il capitano della III divisione del corpo delle forze di difesa. Un giorno, Kafka affronta uno strano Kaiju con il quale si fonde. Da quel momento il giovane acquisisce la capacità di trasformarsi nel Kaiju numero 8, ottenendo particolari abilità.