Nel 1896, Sherlock Holmes viene coinvolto in una malvagia cospirazione che coinvolge l'organizzazione criminale Red Thread, che ha rapito i suoi amici più cari. Unisce le forze con Amelia Rojas, una giovane nativa americana la cui madre è stata recentemente assassinata. Mentre lavorano insieme per risolvere il caso, Amelia si propone anche di scoprire se il grande detective sia in realtà suo padre, da tempo scomparso.