La serie è ambientata 300 anni dopo il grande conflitto tra la Terra e Marte, conosciuto con il nome Calamity War. Una donna di nome Cordelia comincia un viaggio verso la Terra per discutere dell'indipendenza della città marziana di Chryse, che si trova sotto il controllo del governo terrestre. I due protagonisti, Mikazuki Augus e Orga Itsuka, sono membri della compagnia di sicurezza CGS e hanno il compito di fare da scorta a Cordelia. Quando un gruppo di nome Gjallarhorn attacca la CGS e Cordelia, Orga approfitta della situazione per ribellarsi contro la CGS e iniziare un colpo di stato. Come conseguenza, Mikazuki e Orga si trovano coinvolti in un nuovo conflitto. Per difendersi da Gjallarhorn, Mikazuki guida un vecchio mobile suit dei tempi della Calamity War, alimentato da un reattore nucleare, il Gundam Barbatos.