Jacob "Jake" Peralta, un giovane e brillante detective del NYPD, tuttavia poco incline a rispettare le regole, è alle prese con diversi casi polizieschi sotto la guida del nuovo e severo Capitano Holt. Fanno parte della squadra investigativa del dipartimento anche i detective Amy Santiago, Rosa Diaz, Charles Boyle, il sergente Terry Jeffords e la segretaria del Capitano Gina Linetti (amica di infanzia di Peralta)
Ancora sotto la minaccia dell'assassino Jimmy Figgis, Jake e Holt si adattano alle loro nuove vite in Florida con il programma di protezione dei testimoni.
Un tentativo di comprare armi con la loro nuova identità mette nei guai Jake e Holt. Al distretto il nuovo capitano C.J. sembra poco interessato alla disciplina.
Charles decide di trascorrere più tempo con il figlio Nikolaj. Rimasto senza partner, Jake incontra la turista Jess Day mentre cerca di acciuffare un ladro.
A sorpresa, Charles si rivela sempre più prezioso e il distretto valuta un'altra rapina per decidere chi merita veramente il titolo di Miglior detective/genio.
Il Ringraziamento si avvicina e un nervoso Jake si prepara a fare colpo sul padre di Amy, un ex poliziotto in pensione, scoprendo i suoi gusti e creando un dossier.
Terry è teso quando il distretto si occupa di un caso che coinvolge il suo idolo: l'autore fantasy D.C. Parlov. Kevin e Holt sono alle prese con un rompicapo matematico.
C.J. perde prove importanti e Holt convince Jake ad aiutarlo a recuperarle. Incaricato del risparmio energetico, Terry discute con Gina della sua stufetta.
Considerando il basso tasso di criminalità, Brooklyn decide di ridurre le forze in campo. Il futuro del distretto dipende da un'ispezione tenuta dal noioso ex di Amy.
Jake e Rosa affrontano il caso di un computer portatile scomparso dal set di una serie TV procedural di lunga data. La vendicativa ex di Terry subentra nell'ispezione.
La squadra scopre di essere pericolosamente a rischio di chiusura. Jake e Charles lavorano a un ultimo caso che si trasforma in un'importante operazione antidroga.
Per scaricare le tensioni, la squadra cerca di tenere Holt all'oscuro del party segreto organizzato durante una convention della polizia nello stato di New York.
Un caso di droga porta Jake e Rosa a un'indagine condotta dal loro idolo, il tenente Hawkins, che lascia intendere di poter avere un lavoro per uno di loro.
Jake e Rosa chiedono l'intervento di Holt e Pimento quando la loro caccia ai rapinatori di una banca si fa pericolosa. Boyle disapprova il nuovo fidanzato di Gina.
