Nell'anno 2043, Infinite Dendrogram, il primo VRMMO full-dive di successo al mondo è stato rilasciato. Oltre alla sua capacità di simulare perfettamente i cinque sensi, insieme alle sue molte altre incredibili caratteristiche, il gioco prometteva di offrire ai giocatori un mondo pieno di infinite possibilità. Quasi due anni dopo, la futura matricola del college, Reiji Mukudori, è finalmente in grado di acquistare una copia del gioco e iniziare a giocare. Con l'aiuto del suo esperto fratello maggiore, Shuu, e del suo partner Embryo, Reiji intraprende un'avventura nel mondo di Infinite Dendrogram.