In questa serie vengono narrati gli avvenimenti occorsi durante la Quarta Guerra per il Sacro Graal nella città di Fuyuki. In questa guerra, sette maghi chiamati Master sono accompagnati da sette Spiriti di Eroi passati: i Servant. L'unico scopo è contendersi il Sacro Graal, che si dice possa esaudire un desiderio, qualunque esso sia, al vincitore. Gli Einzbern, fondati secoli prima dalle famiglie Einzbern, Matō e Tohsaka, dopo tre tentativi falliti desiderano a tutti i costi impadronirsi del Sacro Graal; decidono quindi di arruolare l'odiato magus killer, Kiritsugu Emiya, nonostante non siano ben visti i suoi discussi metodi d'azione e l'ormai consolidata reputazione di mercenario e assassino spietato: si dice che impieghi qualsiasi mezzo necessario per raggiungere i propri obbiettivi.