Soul Eater Not! segue un'arma di nome Tsugumi Harudori e le maestre d'armi Meme e Anya, appena entrate nella scuola fondata da Shinigami per addestrare le armi e i maestri d'armi, la Shibusen. La storia inizia con l'arrivo di Tsugumi alla scuola del Nevada, scoprendo i suoi poteri di arma e affrontando alcuni dei personaggi già scoperti nella serie Soul Eater, come Kim Diehl, la Strega del Dormitorio delle Ragazze del NOT, o le nuove cameriere del Chupacabra, Liz e Patty Thompson, le future armi di Death the Kid. Tra alti e bassi, indecisioni tra quale debba essere il suo partner tra Anya Hepburn e Meme Tatane e tentativi per ammorbidire le sue nuove compagne, s'intravede sullo sfondo della Shibusen una serie di ragazzi controllati da una strega, detti Traitor, tra i quali rientra pure una senpai, Eternal Feather. Nonostante gli interventi del dottor Franken Stein, il fenomeno è incontrollato e pericoloso e tutti gli indizi portano alla più giovane delle sorelle Gorgoni, Shaula.