La storia di Nekopara si svolge in una realtà alternativa in cui gli esseri umani condividono la Terra con le Neko, delle nekomimi che vengono allevate e accudite dagli umani alla stregua di animali domestici. Il protagonista Kashou Minaduki è un aspirante pasticciere che decide, per inseguire il suo sogno, di lasciare la casa di famiglia e aprire un locale tutto suo, la pasticceria "La Soleil", ma mentre sta destivando i bagagli scopre che due delle sue Neko, Chocola e Vanilla, lo hanno seguito nascondendosi in uno scatolone. Dopo un iniziale indecisione Kashou decide di tenere con sé le due Neko, che nelle vesti di cameriere lo aiutano a gestire e portare avanti il suo locale affiancate, di tanto in tanto, anche dalle molte altre Neko che abitano casa Minaduki, e che sovente gli fanno visita.