Honey Kisaragi è una studentessa di sedici anni dotata di grande bellezza. Frequenta un collegio scolastico e conduce una vita del tutto ordinaria, fino al giorno in cui suo padre, il geniale professore Takeshi Kisaragi, non viene rapito dall'organizzazione criminale Panther Claw. Tuttavia il professore lascia alla figlia un incredibile congegno in grado di trasformare Honey nella coraggiosa guerriera spadaccina dai capelli rossi, Cutie Honey. Aiutata da Seiji, un giovane investigatore privato che da tempo studia le mosse di Panther Claw e dal misterioso Principe del Chiaro di Luna, Honey decide di combattere Panther Claw allo scopo di ritrovare il padre e salvarlo.