La serie è incentrata sul funzionamento interno dell'ufficio dell'FBI di New York, che mette a frutto tutta la capacità, l'intelletto e la tecnologia strabiliante del Bureau per mantenere la città e gli Stati Uniti al sicuro.
Dopo l'esplosione di una bomba che ha devastato un condominio residenziale, gli agenti speciali Maggie Bell e Omar Zidan dell'ufficio di New York dell'FBI indagano su una possibile guerra tra bande rivali, fino a che i loro principali sospettati non vengono trovati brutalmente assassinati.
Dopo che otto persone sono state fatalmente avvelenate con il cibo acquistato in un negozio di alimentari a New York, gli agenti speciali Bell e Zidan seguono una pista che li porta ad un improbabile colpevole e conducono un'operazione sotto copertura per prevenire ulteriori attacchi.
Dopo che la figlia di un senatore viene rapita e tenuta in ostaggio, Bell e Zidan viene chiamata per aiutare a trovare la bambina prima che scada il loro limite di tempo. Tuttavia, per farlo, devono scavare nel passato del senatore per trovare indizi su chi ha fatto questo alla sua famiglia.
Un testimone del Programma Protezione viene ucciso in un agguato, insieme a uno dei due Marshal assegnati al suo caso e a altri due testimoni. Poco dopo, un'altra testimone e suo marito vengono trovati morti. L'FBI teme che la lista delle persone inserite nel programma sia stata compromessa. Questo, però, porterebbe a sospettare che possa esserci una talpa tra gli US Marshal.
Un noto trafficante d'armi pentito che collabora con l'FBI viene ucciso. Ricordandolo fisicamente, Omar assume la sua identità in un'operazione sotto copertura il cui scopo è fermare una vendita di armi molto pericolose. Oltre che dalla sua collega Maggie, sarà aiutato dal suo ex-istruttore Rowan Quinn.
Bell e Zidan indagano sull'omicidio di un giudice federale e di sua figlia. Gli indizi conducono ad un club, al centro di un'altra indagine, in cui si è infiltrata l'ex compagna d'accademia di Bell.
Un controverso leader di estrema destra viene bruciato vivo dopo aver tenuto un discorso alla Paul Tevere University. Bell e Zidan sospettano che dietro all'omicidio ci siano le organizzazioni politiche del Campus.
Dopo l'omicidio di un giornalista investigativo, Bell e Zidan scoprono informazioni che lo collegano ai casi archiviati, tra cui una di queste colpisce anche Bell, lasciandola alla disperata ricerca di risposte in merito all'omicidio del marito.
Un serial bomber prende di mira la città di Wall Street, Bell e Zidan cercano un sospettato, mentre la Mosier si occupa di un profiler arrogante chiamato a consultare il caso.
Quando la figlia di una famiglia benestante viene rapita nel tentativo di ottenere una famigerata fama di Internet, Bell e Zidan scoprono che i piani del rapitore vanno ben oltre il sequestro per non essere mai dimenticati.
Bell, Zidan e la Mosier sono sulle tracce di un serial killer che uccide le proprie vittime lasciando su di loro un macabro marchio, mentre il sindaco limita le indagini al fine di prevenire perdite economiche.
Bell e Zidan collaborano con la squadra speciale dell'FBI specializzata a ricercare i fuggitivi, per catturare un uomo che ha ucciso la sua famiglia e che è anche uno dei 10 fuggitivi più ricercati d'America.
Un noto diplomatico americano rimane ucciso mentre viene usato come pedina in un pericoloso traffico di droga e la squadra indaga per sgominare il traffico. Inoltre, Zidan e Valentine cercano di aiutare dei loro vecchi amici a combattere i loro demoni interiori.
Quando un controverso leader egiziano arriva a New York per effettuare un trapianto di cuore, Bell fatica a bilanciare la sua opinione personale con il suo dovere professionale quando gli viene assegnato il compito di occuparsi della sua sicurezza.
Dopo che un agente dell'FBI viene ucciso, Bell e Zidan indagano e scoprono che l'uomo aveva una doppia vita. Inoltre, Bell ha delle informazioni che vorrebbe rivelare alla vedova dell'agente, che è anche sua amica.
Una donna che ha delle informazioni sulla morte del marito di Bell viene rapita e assassinata, portando Bell e Zidan a scoprire un'operazione criminale più grande di quanto possa immaginare. Inoltre, la Mosier mette a repentaglio la sua carriera restando in attesa e permettendo a Bell di lavorare sul caso, che è diventato personale.
