Nel mondo futuristico di "Kaiba" è stata inventata una tecnologia in grado di estrarre e trasferire i ricordi di una persona in un chip, che può essere poi inserito in un altro corpo. Con questo sistema di corpi intercambiabili la morte fisica è stata privata del suo significato. È inoltre possibile modificare, alterare e addirittura rubare i ricordi. Questo sistema però è a totale vantaggio dei ricchi: solo loro possono permettersi di acquistare nuovi corpi e cambiarli a piacimento per soddisfare i loro desideri o allungare le loro vite. Il protagonista, Kaiba, si risveglia privo di ricordi in una stanza semidistrutta, con un buco nel petto e uno strano disegno sul ventre. Il suo unico indizio per conoscere la sua identità è un medaglione con la foto sfocata di una ragazza. Attaccato improvvisamente senza sapere il perché, Kaiba fugge nello spazio e inizia a viaggiare, in cerca della donna e dei suoi ricordi.