Il Seaquest è un sottomarino ipersofisticato incaricato di mantenere la pace negli abissi, che nel lontano 2018 sono stati colonizzati dal genere umano. A bordo scoppia un conflitto tra il comandante, una donna di nome Stark, incline all'uso della forza, e il suo secondo, favorevole al dialogo, che la rimuove dal comando. I loro superiori decidono di richiamare in servizio il creatore del Seaquest, Nathan Bridger anche per sconfiggere Stark, assetata di vendetta.