Gon Freecss è un bambino di dodici anni che vive sull'Isola Balena con la zia Mito, sua madre adottiva. Incontrando Kaito, un "hunter" professionista, scopre che suo padre Ging, che lui non ha mai conosciuto, è vivo ed è uno dei migliori hunter al mondo, Gon decide perciò di diventare un hunter per cercarlo. Partecipa quindi all'esame per diventare Hunter, durante il quale conoscerà altri aspiranti Hunter con cui stringerà un forte legame di amicizia: Leorio, desideroso di guadagnare soldi per diventare medico chirurgo, Kurapika, che vuole diventare Hunter per vendicare lo sterminio del suo clan, e Killua, un ragazzino di 12 anni figlio della famiglia di assassini Zoldick che partecipa all’esame per divertimento.