Cutie Honey è un'androide creato dal Prof. Kisaragi. Su di lei è stata investita una speciale tecnologia che le permette di creare alcuni oggetti dal nulla. La malvagia organizzazione Panther Claw, guidata da un essere primordiale chiamato Panther Zora e dalla sua giovane discendente Sister Jill, è tuttavia assolutamente interessata ad accaparrarsi questa speciale tecnologia. Nel tentativo di saccheggiare il laboratorio, l'organizzazione finisce per uccidere il Prof. Kisaragi. Furiosa, Honey giura vendetta nei confronti dell'organizzazione che le ha portato via il suo creatore/padre. Honey viene aiutata dal gentile Danbei Hayami e dai suoi due figli, il giornalista Seiji ed il giovane Junpei. Fingendosi una normale ragazza di sedici anni, per sfuggire alle grinfie di Sister Jill, frequenta la scuola femminile Saint Chapel. La sua migliore amica a scuola è la graziosa Aki "Nat-chan" Natsuko, che come la maggior parte delle compagne a scuola, ha un debole per Honey.