Digimon Tamers si svolge in un mondo in cui il popolare franchise Digimon è di gran moda, composto da un cartone animato, videogiochi e un gioco di carte collezionabili. Takato Matsuda è un grande fan dei Digimon, particolarmente ossessionato dal gioco di carte, e sogna costantemente ad occhi aperti l'universo che contiene. Un giorno, trova una misteriosa carta blu, che fa scorrere attraverso uno scanner giocattolo da usare nel popolare gioco di battaglia. Il suo giocattolo improvvisamente si illumina e si trasforma in un Digivice, e il disegno fan-made di Takato, Guilmon, si materializza davanti a lui. Emozionato dalla prospettiva di avere un Digimon in carne ed ossa, Takato abbraccia il suo nuovo compagno, e le sue avventure come domatore di Digimon iniziano.