Sono trascorsi alcuni mesi da quando Okabe, viaggiando con la macchina del tempo insieme a Suzuha, ha cercato di salvare la vita a Kurisu, fallendo nel tentativo. Nella nuova linea di universo Okabe ha deciso di arrendersi e abbandonare il suo alter ego Kyoma Hooin, cercando così di dimenticare il passato. Ma come Okabe dovrebbe ben sapere, l’universo ha i suoi piani e non sono di certo quelli previsti…