Finalmente la sfida tra umani e mutanti sta per subire una svolta decisiva: questi ultimi verranno accettati e integrati nella comunità se decideranno di sottoporsi alla cura per la sottrazione dei loro poteri. Il dottor Xavier e i suoi seguaci, fedeli al concetto di tolleranza, si trovano ancora una volta a dover combattere contro l'ostile Magneto e il suo esercito di mutanti ribelli che si è arricchito di una nuova terribile alleata: la Fenice Nera, ovvero la rediviva Jane Grey passata dall'altra parte della barricata...